Cercetările privindu-l pe omul de afaceri Sorin Ovidiu Vîntu, în cazul referitor la Banca Agricolă, au fost stopate de procurorii Marcel Sâmpetru şi George Bălan, potrivit datelor curprinse într-un dosar redeschis ca urmare a extrădării din Indonezia a lui Nicolae Popa. Nicolae Popa a fost audiat joi, 12 iulie 2012, de către procurori în dosarul în care este pus sub urmărire penală şi Sorin Ovidiu Vîntu pentru spălare de bani şi delapidare în dosarul privind prăbuşirea Fondului Naţional de Investiţii. Potrivit istoricului dosarului, în 12 noiembrie 2003 procurorul Luminiţa Şega de la Parchetul instanţei supreme (decedată între timp) a dispus trimiterea in judecată a lui Sorin Ovidiu Vîntu pentru două infracţiuni de instigare la abuz în serviciu cu consecinţe deosebit de grave (cauza Banca Agricolă). În acelaşi dosar au mai fost trimişi în judecată Liviu Adrian Istrate (fostul director al Băncii Agricole), Nicolae Popa (fostul director general al Gelsor SA şi om de încredere al lui Vîntu), Ioana Vlas, Teodor Irimescu şi Gavril Bătrân, în cauza privind Fondul Naţional de Acumulare (FNA). Fondul Naţional de Acumulare a fost lansat, în 11 ianuarie 1999, de societatea financiară SOV Invest, administratorul Fondului Naţional de Investiţii (FNI). Prin încheierea din 27 iulie 2004, judecătorul Cristian Jipa de la Tribunalul Bucureşti (pensionat în octombrie 2010, când era judecător la instanţa supremă, iar numele său era legat de scandalul de corupţie referitor la senatorul PSD Cătălin Voicu) a dispus disjungerea cauzei privind Banca Agricolă de cauza privind FNA şi restituirea ei pentru completarea urmăririi penale, dispunând refacerea expertizelor contabile şi efectuarea a două confruntări, dintre care una cu o persoană decedată. Prin încheiere de şedinţă, judecătorul a separat dosarul FNA-Banca Agricolă, pentru completarea urmăririi penale, invocînd articolul 332 din Codul de procedură penală (Cpp). Concret, instanţa a decis ca faptele lui Sorin Ovidiu Vîntu în dosarul Fondul Naţional de Acumulare (FNA)-Banca Agricolă să fie reanalizate şi completate de procurori, iar cea referitoare la Ioana Maria Vlas să fie judecată în continuare. Decizia Tribunalului Bucureşti a fost iniţial contestată de Parchet, apreciind că – potrivit articolului 311 din Cpp – „orice hotărâre prin care instanţa se dezinvesteşte pronunţă restituirea prin sentinţă judecătorească, nu prin încheiere de şedinţă”. Între timp, în cadrul Parchetului Înaltei Curţi de Casaţe şi Justiţie, recursul declarat în cazul FNA-Banca Agricolă a provocat nemulţumiri la nivelul şefilor, afirmau atunci surse judiciare, motiv pentru care, de altfel, acuzarea şi-a şi retras contestaţia depusă la Curtea de Apel Bucureşti. Astfel, în 23 august 2004, reprezentantul Parchetului a anunţat retragerea recursului, iar Curtea de Apel Bucureşti a luat act de acest fapt, ceea ce a făcut ca decizia instanţei inferioare să rămînă în vigoare deşi cuprindea aspecte de nelegalitate – respectiv restituirea dosarului la Parchet cu toate că începuseră dezbaterile în proces şi dezinvestirea decisă prin încheiere de şedinţă şi nu prin sentinţă. Procuroarea de şedinţă nu era cea care ar fi trebuit să intre în dosar, ea preferând să intre în concediu. Biroul de presă al Ministerului Public a comunicat atunci că „s-a procedat la retragerea recursului, apreciindu-se ca fiind legală hotărîrea Trbunalului Bucureşti, cît timp – potrivit articolului 333 Cpp – din dezbaterile şi din probele de la dosar rezultă că urmărirea penală nu este completă, iar completarea în faţa instanţei de judecată s-ar face cu mare întîrziere. Întîrzierea ar fi putut avea consecinţe deosebite din punct de vedere juridic, inclusiv punerea în libertate a persoanelor judecate în stare de arest, respectiv a Mariei Vlas”, se susţine în comunicatul instituţiei. Ministerul Public invoca articolul 333 din Cpp, însă instanţa a motivat disjungerea (separarea) dosarului şi restiuirea lui în baza articolului 332 Cpp. Astăzi, Ministerul Public apreciază că soluţia de disjungere a cauzei şi de restituire este vădit netemeinică şi neuzuală în practica instanţelor, soluţia fiind dispusă după zece amânări de pronunţare, iar probele dispuse prin hotărâre ar fi putut fi administrate în cursul cercetării judecătoreşti. Una din persoanele cu care urma să se facă confruntarea era decedată, la momentul în care Tribunalul a dispus restituirea părţii cu Vîntu. Surse judiciare afirmă că Parchetul de pe lângă Tribunalul Bucureşti a făcut recurs împotriva hotărârii de restituire, însă Parchetul de pe lângă Curtea de Apel Bucureşti l-a retras, din dispoziţia procurorului general George Bălan. Sursele citate consideră retragerea recursului ca fiind inexplicabilă, în condiţiile în care soluţia de restituire era vădit netemeinică, iar practica constantă a parchetului în asemenea situaţii era de a formula căi de atac. Concret, există o puternică suspiciune că s-a urmărit favorizarea lui Sorin Ovidiu Vîntu.

În 17 octombrie 2005, Parchetul instanţei supreme a dispus declinarea competenţei de cercetare a cazului Banca Agricolă în favoarea Direcţiei Naţionale Anticorupţie (DNA), ca urmare a apariţiei OUG 135/2005, însă în 25 octombrie dosarul a fost solicitat telefonic de către conducerea PICCJ. Concret, solicitarea a fost făcută de adjunctul procurorului general al României de atunci, Marcel Sânpetru, apoi repartizat spre soluţionare către procurorul Cătălin Purcărin din cadrul Direcţiei de Investigare a Infracţiunilor de Criminalitate Organizată şi Terorism (DIICOT), au declarat surse judiciare. Desemnarea în mod direct a unui anumit procuror din cadrul DIICOT de către procurorul general este nelegală, această atribuţie revenind procurorului şef DIICOT, afirmă surse judiciare. Mai mult, solicitarea telefonică a dosarului cu care era învestit DNA şi repartizarea către un procuror DIICOT, în condiţiile în care DNA nu dispusese declinarea competenţei, este o procedură nelegală. În 17 aprilie 2006, procurorul DIICOT Cătălin Purcărin a dispus scoaterea de sub urmărire penală (SUP), stabilind că, potrivit concluziilor celor două expertize dispuse în cauză, operaţiunile au fost legale, iar banca nu a suferit niciun prejudiciu. Soluţia a fost infirmată la 29 iunie 2006 de către procurorul şef al DIICOT, Daniel Ţicău, care a dispus trimiterea cauzei la DNA. Soluţia lui Ţicău a fost infirmată la 19 iulie 2006 de către adjunctul procurorului general al Parchetul Înaltei Curţi de Casaţie şi Justiţie, Marcel Sâmpetru, care a dispus ca cercetările să fie efectuate în continuare tot de către DIICOT. Procurorul şef Daniel Ţicău a părăsit la scurt timp conducerea DIICOT.