Ministrul Transporturilor şi Infrastructurii (MTI), Anca Boagiu, a declarat vineri că nu ştie cine este Eugen Bogatu şi că nu l-a văzut în viaţa ei, subliniind totodată că MTI nu are nici o legătură cu activitatea vameşilor. În legătură cu numirea directorului din portul Constanţa, după ce a fost demis Ioan Bălan, Boagiu a declarat: „Mă bucur că sunt o persoană atât de importantă, numai că postul din port a fost ocupat de către o persoană apolitică, a fost decizia pe care mi-o menţin, de a pune persoane apolitice. În prezent, în port există un director independent şi care se numeşte Popa şi care chiar îşi face treaba”. Întrebată fiind de stenogramele care au apărut şi din care s-ar interpreta că „ministreasa” ar fi Anca Boagiu, aceasta a răspuns: „De ce mă puneţi pe mine să comentez, pentru că nu am nicio legătură, iar MTI nu are nici o legătură cu ce fac vameşii, deci să-i întrebaţi pe vameşi sau ministerul care îi are în subordine”. Boagiu a adăugat: „Chiar ieri auzeam că mă caută cineva care s-a jucat cu mine cu păpuşile când eram mică, dar o persoană de care nu îmi aduc aminte. Lăsaţi-i pe cei de la DNA să-şi facă treaba, pe mine şi pe colegii mei de la Transporturi să facem un hub regional din port. Fiecare să răspundă pentru spusele şi faptele lui”. În discuţiile pe care le avea cu omul de afaceri Alexandru Pilcă, fostul secretar general din MAI Laurenţiu Mironescu, arestat în dosarul de corupţie din Vama Constanţa,  i-a promis acestuia că îl va ajuta să obţină un post de director în cadrul Companiei Naţionale Administrarea Porturilor Maritime Constanţa. Într-una din discuţiile pe care le-au avut în perioada august-septembrie 2010, Mironescu îi spune omului de afaceri că urma să vorbească cu ministrul Transporturilor, Anca Boagiu, în vederea schimbării din funcţie a directorului general de la acea vreme, Ioan Bălan. Ministrul Transporturilor şi Infrastructurii, Anca Boagiu, a semnat în 13 ianuarie ordinul prin care Ioan Bălan era eliberat din funcţia de director general al Companiei Naţionale „Administraţia Portului Constanţa” şi de preşedinte al Consiliului de Administraţie al aceleiaşi companii. Decizia ministrului Boagiu venea ca urmare a deficienţelor semnalate în activitatea managerială. Ulterior, Boagiu l-a numit pe Andrei Aurelian Popa în funcţia de director general al Administraţiei Porturilor Maritime Constanţa, în locul lui Ioan Bălan.

Fostul secretar general al MAI, Laurenţiu Mironescu, fostul director al Direcţiei Domenii Portuare din cadrul Companiei Naţionale Administraţia Porturilor Maritime Constanţa, Eugen Bogatu, şi alte 26 de persoane au fost reţinute de DNA în dosarul de corupţie din Portul Constanţa. Potrivit DNA, Laurenţiu Mironescu este acuzat de iniţiere sau constituire a unui grup infracţional organizat ori aderarea sau sprijinirea sub orice formă a unui astfel de grup şi trafic de influenţă, în timp ce în dreptul lui Eugen Bogatu s-au reţinut infracţiunile de iniţiere sau constituire a unui grup infracţional organizat ori aderarea sau sprijinirea sub orice formă a unui astfel de grup, cumpărare de influenţă, instigare la dare de mită şi instigare la delapidare. Potrivit documentelor de la dosarul întocmit de DNA, pe 31 august, Mironescu îi spune lui Pilcă despre problemele ivite în legătură cu schimbarea directorului general al Administraţiei Porturilor Maritime Constanţa, Ioan Bălan.